泡椒凤爪在其生产加工的过程中，需要进行杀菌处理，如果杀菌效果不理想，会影响其保质期及出现容易胀袋的现象。传统的巴氏杀菌是通过高温（121℃以上）热力进行杀菌，杀菌时间一般需要十几分钟，甚至是更长的时间，才能达到食品卫生标准，泡椒凤爪长时间在如此高的温度下，风味及口感会发生改变。

微波杀菌是采用低温杀菌（一般杀菌温度在70—80℃即可)，其杀菌原理是微波能够对细菌的细胞壁进行破坏，使细菌细胞内的营养成分流失，起到抑制细胞生长及死亡的效果。微波可穿透物料表面，对物料内外同时进行杀菌处理，因此，微波对泡椒凤爪杀菌时间短、速度快（杀菌时间在3—5分钟左右）。