设备运行时首先由微波发生器发生微波，经馈能装置输入微波加热器中；物料由传输系统送至加热器中，此时物料中的水分在微波能的作用下升温蒸发，水蒸气通过抽湿系统排除而达到干燥的目的。物料中的细菌则被微波电磁场作用下所产生的生物效应和热效应杀灭。由于微波是直接作用于物料，所以干燥温度低、速度快，药物中的有效成份的损失很小。
GWM-56B型微波干燥灭菌机因其结构特点，1.能适应恶劣环境，所以主要应用在环境温度高、粉尘大、连续工作的地方，但这种微波设备因制造生产工艺复杂，所以整机成本较高。 2. 微波发生器（磁控管）安装在隧道箱体顶层，馈电器用银焊条焊接成的黄铜板制造，微波直接辐射到物料，微波效能大为提高。 3. 隧道炉门采用加厚结构，目的是防止高温变形产生微波泄漏，并全部采用了可视窗口，箱内装有测温探头，使得生产过程有了可视性，操作更直观。 4. 在隧道箱前加入了电加热热风装置，可以对要干燥的物料进行预热。在箱外整体采用不锈钢夹层，对箱体进行保温，提高了热效率。